Праздник впервые организовали в 1999 году по инициативе Всемирной федерации сердца. Акцию поддержали Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ), ЮНЕСКО и другие значимые организации. Первоначально День сердца праздновали в последнее воскресенье сентября, а с 2011 года у него появилась фиксированная дата — 29 сентября.

Цель введения новой даты — повысить осознание в обществе опасности, которая вызвана эпидемией сердечно-сосудистых заболеваний в мире, а также инициировать профилактические меры в отношении ишемической болезни и мозгового инсульта во всех группах населения. Всемирный день сердца проводится под девизом «Сердце для жизни».